菲律宾三趾翠鸟是洞穴筑巢者,这意味着它们在土坡上挖掘巢穴和白蚁窝里筑巢。它主要各种小生物为食,包括蚯蚓、小蜥蜴和昆虫。由于它的行踪隐秘——它静静地栖息着,从一个栖息地悄然飞到另一个栖息地,一百多年来,科学家们都难以捕捉到其身影。直到 2020 年 3 月,由米格尔·大卫·德莱昂(Miguel David De Leon)所领导的罗伯特·肯尼迪保护协会(Robert S. Kennedy Conservation Society)在卡加延德奥罗首次拍摄记录。
非常遗憾,近年来由于人类的砍伐、农业转化和采矿活动,大片森林栖息地被破坏,这种鸟现在已经濒临灭绝。